醫藥凍干機是真空冷凍干燥機一種，專門用來針對藥品領域的凍干機。在醫藥凍干機中，滅菌過程都可以預先編制程序，在醫藥凍干機的控制系統和驗證下自動進行。蒸汽滅菌大致有如下步驟：

（1）關閉凍干箱及冷凝器與外界聯系的閥門，關閉真空泵與水汽凝結器之間的閥門；

（2）鎖緊凍干箱門，啟動真空泵抽空體系；

（3）注入蒸汽還原體系內壓力，再次抽空，反復3 次，除盡體系內的不凝性氣體；

（4）注入蒸汽直至達到滅菌壓力和溫度；

（5）按設定的滅菌程序進行保溫、保壓；

（6）滅菌過程完成后，卸掉高壓，進入冷卻干燥階段，用真空泵抽空體系并用冷凍機降溫。